《惡魔的謎語》故事舞臺設定在一個名為“10年黑組”的全住宿制女子高中的班級，這個班級里的12名學生都是由暗殺者構成的，她們全都瞄準了她們的同學——一之瀨晴的性命。即使她的性命被眾多人覬覦，一之瀨晴依然發誓一定要活著畢業。另一方面，同樣也是準備奪取一之瀨晴性命的暗殺者——轉校生東兔角卻在一次次接近對方時，漸漸地被晴所吸引。在同學們對晴展開攻擊之時，兔角則以保護者的姿態與她們開始了戰斗。