哆啦A夢跟大雄用“時空洞”，抓到了一只很大的滅絕的鳥，它的名字叫做莫亞。大雄不忍心將它回到古代后要面臨絕滅，于是把它帶到專門收容絕滅動物的“絕滅之島”。這個陌生的島嶼，擁有“黃金獨角仙”所守護(hù)的不可思議力量，可以令古代生物得以繼續(xù)生存至今。它同時是一個受未來人監(jiān)管和研究的生態(tài)公園。要到那里就必須要由當(dāng)?shù)氐膶I(yè)向?qū)О才?。然而，在該處研究的絕種動物學(xué)家凱莉博士的冒失助手剛之助在前往大雄家的途中，卻弄錯時空，誤把二十年前，兒時的大雄爸爸帶到生態(tài)公園去了……